Trung tâm này được thành lập trên cơ sở tổ chức lại Hạt Kiểm lâm VQG Phong Nha - Kẻ Bàng nhằm nâng cao hiệu quả công tác quản lý, bảo vệ rừng và bảo tồn Di sản thiên nhiên thế giới.
Theo đó, Trung tâm Bảo vệ rừng và Di sản thế giới là đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Ban Quản lý VQG Phong Nha - Kẻ Bàng; chịu sự quản lý, lãnh đạo, chỉ đạo trực tiếp về tổ chức, vị trí việc làm, số lượng người làm việc và công tác của Ban Quản lý VQG Phong Nha - Kẻ Bàng.

Trung tâm có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng tại Kho bạc Nhà nước và Ngân hàng, hoạt động theo loại hình đơn vị sự nghiệp công lập, thực hiện cơ chế tự chủ tài chính theo quy định của pháp luật.
Cơ cấu tổ chức của Trung tâm cũng được điều chỉnh lại cho phù hợp với yêu cầu nhiệm vụ mới. Theo đó, từ 15 trạm, tổ, bộ phận trước đây, đơn vị được tổ chức lại thành 14 phòng, đội, trạm bảo vệ rừng. Số lượng người làm việc của Trung tâm khi thành lập là 129 biên chế sự nghiệp, hưởng lương từ ngân sách Nhà nước.
Về cơ cấu tổ chức, lãnh đạo của Trung tâm có Giám đốc là người đứng đầu và các Phó Giám đốc, số lượng Phó Giám đốc thực hiện theo quy định pháp luật hiện hành. Ông Phạm Văn Tân, Hạt trưởng Hạt Kiểm lâm VQG Phong Nha - Kẻ Bàng, đã được bổ nhiệm làm Giám đốc Trung tâm Bảo vệ rừng và Di sản thế giới.
Khánh An