Thông tư số 07/2021/TT-BTC nêu rõ, người khai hải qua nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa nhập khẩu tại thời điểm làm thủ tục hải quan theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 7 Thông tư số 38/2018/TT-BTC của Bộ Tài chính.
Đối với trường hợp chưa có chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa nhập khẩu tại thời điểm làm thủ tục hải quan để áp dụng thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo quy định tại Hiệp định EVFTA, người khai hải quan phải khai chậm nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ trên tờ khai hải quan nhập khẩu.
Theo Thông tư số 07, người khai hải quan được khai bổ sung, nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa trong thời hạn không quá 02 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu và trong thời hạn hiệu lực của chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa.
Trong trường hợp người khai hải quan nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa sau khi thời hạn hiệu lực quy định nêu trên vì lý do bất khả kháng hoặc các lý do hợp lệ khác nằm ngoài sự kiểm soát của nhà nhập khẩu và các trường hợp xuất trình muộn khác, Bộ Tài chính (Tổng cục Hải quan) xem xét, quyết định việc áp dụng thuế suất nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo quy định tại Hiệp định EVFTA đối với các trường hợp cụ thể.
Đối với trường hợp xuất trình muộn khác, hàng hóa phải được nhập khẩu trong thời hạn hiệu lực của chứng từ chứng nhập xuất xứ hàng hóa.
Đối với các tờ khai hải quan của mặt hàng nhập khẩu đăng ký từ ngày 01/8/2020 đến trước ngày 11/3/2021, nếu đáp ứng đủ các quy định để được hưởng thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo quy định của EVFTA, Nghị định số 111/2020/NĐ-CP và đã nộp thuế theo mức thuế suất cao hơn mức thuế suất quy định tại EVFTA và Nghị định số 111/2020/NĐ-CP của Chính phủ thì người khai hải quan nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ cho cơ quan hải quan để được xử lý số tiền thuế nộp thừa theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
Việc kiểm tra, xác định xuất xứ hàng hóa để áp dụng thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo quy định tại Hiệp định EVFTA thực hiện theo Thông tư số 38/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 quy định về xác định xuất xứ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, Thông tư số 62/2020/TT-BTC ngày 05/9/2020 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 38/2018/TT-BTC và các văn bản hướng dẫn có liên quan.
PV