Cụ thể, báo cáo tại Hội nghị, bà Nguyễn Thị Thu Hường, Phó Trưởng ban Nghiệp vụ (Cục Thuế) cho biết, tính đến ngày 21/9/2026, cơ quan thuế toàn quốc đã ban hành 14.058 quyết định hoàn thuế, với tổng số tiền 142.599 tỷ đồng, đạt 82% tiến độ dự toán hoàn năm 2026, bằng 144% so với cùng kỳ năm 2025.
Nổi bật, là tỷ lệ hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng gửi bằng phương thức điện tử đạt 99%; trong đó 87% hồ sơ thuộc diện “hoàn trước - kiểm sau”, 27% hồ sơ thuộc diện “kiểm trước - hoàn sau”. Hồ sơ “hoàn trước - kiểm sau” được giải quyết trong vòng 6 ngày làm việc.
5 địa phương có số hoàn thuế giá trị gia tăng lớn nhất là: TP. Hồ Chí Minh với 4.089 quyết định hoàn thuế, số tiền hoàn là 36.075 tỷ đồng; Đồng Nai ban hành 2.304 quyết định hoàn thuế, số tiền hoàn là 18.469 tỷ đồng; tiếp đến là Bắc Ninh, Tây Ninh và Hà Nội.
Bên cạnh kết quả hoàn thuế, bà Hường cho biết, có 3 nhóm nguyên nhân chính dẫn đến những tồn tại trong công tác hoàn thuế.
Một là, doanh nghiệp chưa lập đầy đủ, chính xác bộ hồ sơ theo quy định. Khi tiếp nhận, cơ quan thuế phải yêu cầu giải trình, bổ sung hoặc doanh nghiệp tự xin rút hồ sơ để lập lại.
Hai là, hồ sơ có dấu hiệu rủi ro về hóa đơn, chứng từ thanh toán hoặc đối tác trung gian. Cơ quan thuế phải gửi công văn xác minh tới các cơ quan Hải quan, Ngân hàng, Công an hoặc cơ quan thuế quản lý doanh nghiệp đầu vào, khiến thời gian xử lý kéo dài.
Ba là, những bất cập trong quy trình thao tác và quy định pháp lý. Việc kê khai điều chỉnh các chỉ tiêu 37, 38 trong nghiệp vụ kế toán hoặc xử lý số thuế đề nghị hoàn trùng lặp giữa các kỳ vẫn gây lúng túng. Trước đây, chỉ cần một hóa đơn có rủi ro nhỏ, toàn bộ hồ sơ có thể bị chuyển sang diện “kiểm trước - hoàn sau”.
Tại hội nghị, loạt vướng mắc của doanh nghiệp, từ hồ sơ hoàn thuế tồn đọng đến xuất khẩu tại chỗ, kho ngoại quan..., đã được lãnh đạo Cục Thuế và đại diện các ban thuộc Cục Thuế trao đổi, giải đáp trực tiếp và cam kết tiếp tục rà soát, phối hợp để xử lý, trả lời cụ thể cho doanh nghiệp.
Phát biểu tại Hội nghị, ông Mai Sơn, Phó Cục trưởng Cục Thuế cho biết, ngành Thuế sẽ rà soát, xử lý dứt điểm các hồ sơ tồn đọng kéo dài, đồng thời có câu trả lời rõ ràng cho từng doanh nghiệp
“Trong thời gian tới, ngành Thuế hướng tới việc tiếp tục hoàn thiện quy trình hoàn thuế theo hướng minh bạch, thuận lợi, tăng cường ứng dụng công nghệ và dữ liệu, từng bước hạn chế sự can thiệp của con người trong quy trình, qua đó bảo đảm việc giải quyết hoàn thuế đúng quy định, kịp thời và hỗ trợ tốt hơn cho hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp” - Phó cục trưởng Cục Thuế Mai Sơn cho hay.
Tuấn Ngọc
