Theo phản ánh từ cộng đồng doanh nghiệp, một trong những vướng mắc nổi bật hiện nay nằm ở quy định về thời hạn làm thủ tục nhập khẩu tại chỗ. Cụ thể, tại điểm 4 Khoản 53 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC (sửa đổi, bổ sung Điều 86 Thông tư số 38/2015/TT-BTC) quy định người nhập khẩu tại chỗ phải hoàn tất thủ tục hải quan trong vòng 15 ngày, kể từ thời điểm hàng hóa xuất khẩu được thông quan hoặc giải phóng hàng.
Tuy nhiên, trên thực tế, với các lô hàng xuất khẩu tại chỗ thuộc diện kiểm tra thực tế (luồng đỏ), doanh nghiệp chỉ có thể đăng ký tờ khai nhập khẩu sau khi khâu kiểm tra hoàn tất và hệ thống hải quan xác nhận thông quan. Trong khoảng thời gian chờ đợi này, hàng hóa buộc phải lưu trên phương tiện vận chuyển hoặc container, làm phát sinh chi phí lưu kho, lưu bãi và ảnh hưởng trực tiếp đến tiến độ giao nhận, nhất là với các dây chuyền sản xuất theo mô hình “đúng thời điểm”.
Không chỉ vậy, nhiều doanh nghiệp còn gặp khó trong việc xác định thủ tục đối với hàng hóa tái xuất ra nước ngoài hoặc đưa vào khu phi thuế quan. Một số trường hợp nhập khẩu nguyên liệu gia công theo chỉ định của đối tác nước ngoài từ doanh nghiệp nội địa, sau đó lại tái xuất cho chính doanh nghiệp này, khiến doanh nghiệp băn khoăn về tính phù hợp của quy trình với các quy định pháp luật hiện hành.
Bên cạnh đó, hình thức thông báo hợp đồng trong thủ tục hải quan cũng là vấn đề gây nhiều tranh luận. Doanh nghiệp đề nghị làm rõ cách xử lý trong trường hợp hợp đồng bị điều chỉnh, không nhập đủ số lượng như ban đầu, hoặc khi giao dịch với doanh nghiệp ưu tiên, cần xác định rõ bên nào có trách nhiệm thực hiện thông báo với cơ quan hải quan.
Từ góc độ doanh nghiệp sản xuất lớn, Công ty Toyota Việt Nam đặt vấn đề liên quan đến quy định “giao nhận trước, mở hải quan sau” tại Điều 86 Thông tư số 38/2015/TT-BTC. Doanh nghiệp cho rằng, cần làm rõ liệu quy định này có cho phép sử dụng hàng hóa trước khi mở tờ khai hải quan hay không, nhất là trong bối cảnh Thông tư 121 đã chính thức có hiệu lực.
Đáng chú ý, nhiều ý kiến cũng chỉ ra sự khác biệt giữa Nghị định số 167/2025/NĐ-CP và Thông tư số 121/2025/TT-BTC về trình tự giao nhận hàng hóa trong xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ, khiến doanh nghiệp gặp khó trong việc áp dụng thống nhất.
Phản hồi trước các vướng mắc này, Cục Hải quan cho biết, doanh nghiệp cần căn cứ đầy đủ các quy định pháp luật hiện hành, đồng thời phối hợp chặt chẽ với bên giao – nhận hàng để thực hiện đúng quy trình. Đối với hàng tái xuất, Cục Hải quan dẫn Điều 47a Luật số 90/2025/QH15, khẳng định hàng hóa giao nhận tại Việt Nam theo chỉ định của thương nhân nước ngoài sẽ thực hiện thủ tục theo loại hình xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ.
Với các hợp đồng hoặc đơn hàng phát sinh trước ngày 1/2/2026, cơ quan hải quan cho biết, tiếp tục áp dụng Thông tư số 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi tại Thông tư số 39/2018/TT-BTC) đến kỳ quyết toán năm 2026 nhằm bảo đảm tính ổn định cho hoạt động sản xuất kinh doanh.
Liên quan đến thông báo hợp đồng, doanh nghiệp có thể thực hiện theo hợp đồng nguyên tắc, hợp đồng chi tiết, phụ lục hoặc từng đơn hàng, thông qua hình thức điện tử, văn bản giấy hoặc thư điện tử gửi cơ quan hải quan quản lý.
Đối với quy định “giao nhận trước, mở hải quan sau”, Cục Hải quan khẳng định, Thông tư 121 đã làm rõ việc người khai hải quan chỉ được sử dụng hàng hóa sau khi hoàn tất giao nhận. Đồng thời, cơ chế giao nhận trước – làm thủ tục sau hiện chỉ áp dụng cho doanh nghiệp ưu tiên và đối tác của doanh nghiệp ưu tiên theo quy định tại Nghị định số 167/2025/NĐ-CP.
Nam Sơn (t/h)
