Theo Kết luận thanh tra, trong giai đoạn 2020-2025, UBND tỉnh Quảng Trị đã cấp 80 giấy phép khai thác khoáng sản, trong đó 78 giấy phép còn hiệu lực; đồng thời gia hạn 16 giấy phép và nâng công suất 13 giấy phép.
Qua kiểm tra 31 hồ sơ cấp phép kết hợp xác minh thực tế tại các mỏ, Thanh tra tỉnh Quảng Trị nhận thấy một số giấy phép khai thác khoáng sản chưa xác định mức sâu khai thác thấp nhất. Trong khi đó, cơ quan chuyên môn chưa kịp thời rà soát các báo cáo định kỳ của doanh nghiệp để phát hiện, xử lý tình trạng khai thác vượt công suất, vượt độ sâu được phép.
Công tác quản lý, sử dụng đất tại một số khu vực khai thác khoáng sản cũng bộc lộ nhiều hạn chế. Một số đơn vị sử dụng đất để khai thác, làm bãi chế biến khoáng sản nhưng chưa hoàn thành thủ tục thuê đất, chưa thực hiện đầy đủ nghĩa vụ tài chính. Có trường hợp sử dụng diện tích đất tại bãi chế biến vượt diện tích được cơ quan có thẩm quyền cho thuê.
Đáng chú ý, thanh tra xác định có 15 dự án khai thác khoáng sản đã hết hạn giấy phép nhưng chưa hoàn thành thủ tục đóng cửa mỏ. Một số mỏ đã hết thời hạn khai thác trong nhiều năm nhưng cơ quan chuyên môn chưa kịp thời chỉ đạo, xử lý theo quy định.
Tình trạng nợ nghĩa vụ tài chính trong lĩnh vực khoáng sản cũng ở mức đáng lưu ý. Đến cuối năm 2025, có 116 tổ chức, cá nhân còn nợ tiền cấp quyền khai thác khoáng sản, thuế tài nguyên, phí bảo vệ môi trường, tiền ký quỹ bảo vệ môi trường và các nghĩa vụ khác, với tổng số tiền hơn 103,1 tỷ đồng.
Một trong những nội dung đáng chú ý của kết luận thanh tra là xác định 10/28 đơn vị được kiểm tra thực hiện không đúng quy định pháp luật về khoáng sản, đất đai, thuộc trường hợp phải xem xét xử lý vi phạm hành chính, nhiều doanh nghiệp còn thực hiện chưa đúng việc kê khai các khoản nghĩa vụ tài chính với Nhà nước. Kết quả kiểm tra cho thấy 16/28 đơn vị kê khai chưa đúng giá tính thuế tài nguyên, phí bảo vệ môi trường hoặc kê khai thiếu khối lượng khoáng sản thực tế đã khai thác. 
Qua đó, xác định lại nghĩa vụ tài chính, số tiền chênh lệch phải thu hồi hơn 4 tỷ đồng. Đồng thời, Giám đốc Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh ban hành 10 quyết định xử phạt vi phạm hành chính buộc các tổ chức vi phạm nộp lại số lợi bất hợp pháp với tổng số tiền hơn 1,877 tỷ đồng.
Bên cạnh việc chỉ ra sai phạm của các tổ chức, doanh nghiệp, Thanh tra tỉnh Quảng Trị cũng xác định trách nhiệm của lãnh đạo và các phòng chuyên môn thuộc cơ quan quản lý tài nguyên và môi trường qua các thời kỳ; chính quyền một số địa phương cùng các tổ chức, cá nhân có liên quan.
Đối với cơ quan thuế, Kết luận thanh tra cho rằng công tác kiểm tra, xác định tính chính xác của tờ khai thuế tài nguyên, phí bảo vệ môi trường đối với doanh nghiệp khai thác khoáng sản có thời điểm chưa chặt chẽ. Điều này dẫn tới một số trường hợp quyết toán sai giá tính thuế, sai mức thu hoặc hệ số tính phí.
Thanh tra tỉnh Quảng Trị đề nghị Giám đốc Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh, UBND các xã theo thẩm quyền tổ chức kiểm điểm, rút kinh nghiệm đối với tập thể, cá nhân có liên quan; đồng thời yêu cầu ngành thuế tăng cường các biện pháp thu hồi những khoản nợ kéo dài.
Cơ quan thanh tra cũng yêu cầu các đơn vị liên quan tăng cường kiểm tra sản lượng khai thác, quy trình, trữ lượng và độ sâu khai thác; kiểm soát chặt hoạt động tại các mỏ, kịp thời phát hiện, xử lý hoặc kiến nghị xử lý nghiêm các hành vi vi phạm.
Xuân Thi
